Go3S柱离心式基因组DNA小量抽提试剂盒 K201/202/203

3S Spin Genomic DNA Miniprep Kit V3.0

CAT#

SIZE

PRICE(¥)

K201

50

370

K202

100

700

K203

250

1500

试剂盒组成:


Components and Size

K201
 (50 次)

K202
(100 次)

K203
(250 次)

3S Column
2.0 ml Colle Tube
Digestion Buffer
Solution B
Wash Solution(a)
Proteinase K(b)
TE pH8.0
Protocol

50根
50只
25 ml
20 ml
22 ml
6 mg
10 ml
1份

100根
100只
50 ml
40ml
2x 22 ml
2x6mg
20 ml
1份

250根
250只
125 ml
100ml
5x 22 ml
5x6 mg
50 ml
1份

注:
(a)      首次使用前,必须在Wash Solution瓶中加入50ml无水乙醇,充分混匀后使用。每次使用后将瓶盖盖紧,以保持Wash Solution中的乙醇含量
(b)     Proteinase K使用前每6mg加入150µl H2O,短时间4℃保存,长时间-20度保存备用。不得Proteinase K直接加入到Digestion Buffer中,以免酶失活。
基本原理:
         该试剂盒的核心是能特异吸附DNA的3S柱。3S柱是一种能放入普通1.5ml和2.0ml eppendorf管中的离心式小柱,柱子的底部有惰性大分子材料,它能由选择性吸附核酸物质,但不吸附蛋白质、多糖和其它非核酸类物质。制备基因组DNA时,首先根据要求准备样品,后用Proteinase K和去污剂裂解组织和细胞,释放出基因组DNA。3S用于吸附基因组DNA, 经简单的洗涤步骤除去非特异性结合的杂质, 然后用Elution Buffer, TE 或者水洗脱。
质量控制:
基因组DNA抽提效果由从大肠杆菌细胞中制备细菌基因组DNA和从人血液中抽提人基因组DNA,判定,抽提的DNA用0.7%Agarose电泳和UV分光光度计检查抽提的基因组DNA的质量。
主要用途:

从多种组织和细胞中小规模快速抽提基因组DNA。
主要特点:
1.          适用范围广,适用于大多数组织和细胞基因组DNA的抽提。
2.          无需酚和氯仿抽提,无需乙醇沉淀,安全。
3.          DNA纯度高,得率高,无蛋白质污染,制备的DNA适用于常规分子生物学实验。。

基因组DNA抽提方法
1.样品准备:
1) 血液:
(1)   血液收集:血液必须用ACD抗凝(ACD: 0.48% Citric Acid, 1.32% Sodium Citrate, 1.47% Glucose)。 6 ml 血液用1 ml ACD抗凝。因为从用肝素抗凝的血液抽提的DNA常有PCR抑制剂存在,不能用于PCR反应。
(2)   由于红细胞和血小板不含细胞核,血液中的基因组DNA主要来自于白细胞和血液中的病毒等。通常从200µl血液可获约2-10µg DNA。如果需要较大量的DNA,可以用1000µl以上的血液,处理方法如下:每1000µl血液中加入2ml无菌水,5000×g,离心2分钟。沉淀用400µl Digestion Buffer将白细胞悬浮起来备用。
新鲜血或血清样品如果体积不超过200ul, 可以直接加入400µl Digestion Buffer¸混匀后使用。
2) 生物组织:
25-100mg组织样品用手术刀切成小块,再用液氮碾碎,或用组织匀浆器匀浆。将粉末收集到1.5ml离心管中,用400µl Digestion Buffer悬浮。
3) 石蜡生物组织:
(1)   将25-100mg石蜡生物组织样品用手术刀切成小块,转入2 ml 离心管(用户自备)中。
(2)   加入1.2 ml 二甲苯溶剂(用户自备)。用振荡器振荡。(目的是除去石蜡)
(3)   用台式高速离心机,室温,12,000转/分,离心5分钟。
(4)   小心移走上清,注意不要移走沉淀物质。
(5)   加入1.2 ml无水乙醇,小心用振荡器振荡,室温放置1分钟。
(6)   室温,12,000转/分,离心5分钟。

(7)   重复步骤5-6一次。(目的是除去残留的二甲苯溶剂)
(8)   打开离心管盖子,37 oC保温10-15分钟。(目的是除去残留的乙醇)
(9)   用400µl Digestion Buffer悬浮, 组织匀浆器匀浆。注意:石蜡切片可以直接使用,无须匀浆。
4)生物体液:
(1)   将体液转移到离心管中,根据体液的性质,确定体液的用量。
(2)   5000×g, 室温离心10分钟。
(3)   小心移走上清,沉淀00µl Digestion Buffer悬浮。如果体液的体积小于200ul, 直接加入Digestion Buffer,是总体积达到400ul,混匀。
5)尿液:
(1)   将尿液转移到离心管中,5000×g, 室温离心10分钟。
(2)   小心移走上清,沉淀用400µl Digestion Buffer悬浮。
6)眼,鼻,喉等拭样(Swabs)
(1)   将拭样(Swabs)转移到离心管中,加入2 ml PBS (或生理盐水,用户自备),室温浸泡2-5小时。
(2)   5000×g, 室温离心10分钟。
(3)   小心移走上清,沉淀用400µl Digestion Buffer悬浮。
7)福尔马林处理的样品:
(1)   将100mg福尔马林处理样品用手术刀切成小块,转入离心管(用户自备)中。
(2)   加入2 ml PBS (或生理盐水,用户自备),室温浸泡30分钟。
(3)   12000专/分钟, 室温离心2分钟。
(4)   小心移走上清,加入2 ml PBS (或生理盐水,用户自备),室温浸泡30分钟。
(5)   12000专/分钟, 室温离心2分钟。
(6)   小心移走上清,沉淀用500µl Digestion Buffer悬浮, 组织匀浆器彻底匀浆。匀浆效果的好坏直接影响Proteinase K的降解效果。
(7)   取500ul匀浆(包括可能的组织块)全部转移到1.5 ml离心官中。
8) 培养细胞样品的处理:
(1)   收集细胞

a.     悬浮培养细胞
1000´g室温离心5分钟,彻底去上清,进行步骤2。

b.     单层培养细胞
蛋白酶消化细胞:倒掉培养基,用PBS洗涤细胞,然后用胰蛋白酶消化细胞。当细胞从培养瓶表面脱落以后,将细胞转移到离心管中,1000´g离心5分钟,彻底去上清,进行步骤2。
(2)   用400µl Digestion Buffer悬浮
9) 培养细菌细胞的处理
(1) 准备200µl 过夜培养细胞
(2) 12000转/分钟, 离心2分钟。彻底移走上清液,细胞用150µl TE悬浮起来。
(3) 溶菌酶处理。对于格兰氏阳性和格兰氏阴性菌酶解时间的要求是不一样的,详见下表。根据下表取适量的溶菌酶,用50µl TE溶解后全部加入到细菌样品中。格兰氏阴性菌也可以不要用溶菌处理。

 

TE中溶菌酶浓度

室温下酶解时间

格兰氏阴性菌

400mg/ml

5-10分钟

格兰氏阳性菌

3 mg/ml

15-30分钟

注意:

1.  如果样品不能马上用于抽提基因组DNA, 可以-20 oC保存备用。
2.  样品不能反复冻融,否则基因组DNA的完整性(长度)和产率都会受到影响。
3.  样品不要太多,否则基因组DNA的纯度和产率反而下降。

2. 在按要求处理的样品中加入3ul Proteinase K,混匀,55°C保温10-60分钟。
注意:
1) 不得将Proteinase K先加入到Digestion Solution,再加到样品中。
2) 保温时间取决于样品的类型。 对于细胞样品,55°C保温5分钟足以使细胞裂解,释放出基因组DNA。而对于组织类样品,55°C保温则视降解效果而定。降解完全的样品应是透明粘稠液体。组织类样品一般在1-3小时内作用完全。过夜处理通常不影响产率。
3. 高速室温12000转/分离心5分钟,将上清转移到1.5ml无菌离心管中,加入300ul Solution B, 混匀。

4. 将样品全部转移到3S柱,柱子放入2.0 ml Collection Tube,盖上离心管盖(盖

子也可以不盖,但是如果您同时有很多样品,担心混淆或弄翻溶液,建议您盖上盖子)。转移时用1ml Tip头取样品。
5. 用台式离心机,12,000转/分,室温离心1分钟。
6. 取下3S柱,弃去离心管中的废液。将柱子放回同一根离心管中,加入500µl Wash Solution, 12,000转/分,室温离心1分钟。
7. 重复步骤6一次。
8. 取下3S柱,弃去离心管中的全部废液。将柱子放回同一根离心管中,10,000转/分,室温离心2分钟,以除去残留的Wash Solution。
9. 在柱子中央加入100µl TE, 将柱子放入新的干净1.5 ml或2.0ml离心管中,室温或37-55°C放置2分钟。12,000转/分,室温离心1分钟。收集管中的液体即为基因组DNA。根据用途,样品可以4°C或-20°C保存。
注意:
1)为提高洗脱效率,可以将TE预热到37-55°C。
2)如果样品中基因组DNA含量很低,用30µl TE洗脱可以提高洗脱液的样品浓度,但产率有所下降。重复步骤8-9,可以提高产率20%。
10. 用分光光度计测量DNA含量按1OD260=50µg基因组DNA,或者走0.7% Agarose 胶判定DNA的完整性,也可以判定样品中是否有RNA。
注意:
1)血液样品中的DNA产量取决于血细胞的数量。
2)从Agarose Gel仅能观察到白细胞基因组DNA, 血清中病毒DNA因含量太少,不能用Agarose Gel直接观察。
3) 通常50µl PCR反应中用2-5µl DNA。

4) 特别注意:根据文献报道,9种常用的方法,包括国际上常用的几种试剂和盒再内,用于抽提Formalin固定的组织样品中的基因组DNA, 发现由近40%的样品,无法抽提到适合PCR的基因组DNA, 其中有些方法抽提的基因组无法用于 PCR扩增。原因可能是固定方式和时间影响基因组的完整性和抽提基因组的质量。试剂盒方式是所有方式中,效果最好的一种,该种方式的的产率可能不是最好,由于可以除去一些未知干扰物质,PCR扩增的成功率有时可以达到60%。